Le nombre de cas de coqueluche a très fortement baissé depuis l'introduction du vaccin. Pour autant, la bactérie continue à circuler car le vaccin tout comme la maladie ne protège pas à vie. Les populations touchées sont les nourrissons trop jeunes pour être vaccinés et les adolescents et adultes qui ont perdu la protection conférée par le vaccin ou la maladie. La transmission est interhumaine par voie aérienne au contact d’un sujet malade (toux).
Durant sa phase catarrhale initiale, la coqueluche est extrêmement contagieuse, le taux de cas secondaires pouvant atteindre 90 % chez les contacts familiaux non immuns.